Afhüppe begann seine berufliche Karriere 1999 als Hauptstadtkorrespondent der "WirtschaftsWoche". Von 2004 an war er in gleicher Position beim Nachrichtenmagazin "Der Spiegel" tätig, bevor er 2006 ins Berliner "Handelsblatt"-Büro wechselte. Bei der Wirtschaftszeitung wurde der Diplom-Volkswirt 2011 stellvertretender Chefredakteur, 2015 Co-Chefredakteur, 2016 alleiniger Chefredakteur und 2018 assoziiertes Mitglied der Geschäftsführung. Im März 2021 ging Afhüppe zur Deutschen Bank, von der er sich Ende 2023 als Global Head of Political Affairs verabschiedete.

Am 1. November vergangenen Jahres wurde Afhüppe Leiter der Unternehmenskommunikation bei der N26 Group. Jetzt nimmt er seinen Hut und teilt auf Linkedin mit: "Es hat mir ausgesprochen viel Freude bereitet, die Kommunikation und Public Affairs von N26 weiterzuentwickeln und das Fintech in Medien und Politik stärker zu positionieren." Er freue sich nun auf neue Herausforderungen, wobei er seine "Leidenschaft für Kommunikation, Politik und gesellschaftliche Themen in einem neuen Kontext" einbringen wolle.
 
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